Das Krankenhaus der Elisabethinen wird als gemeinnützige Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH) geführt. Alleiniger Eigentümer des Krankenhauses ist der Konvent der Elisabethinen Graz.

Vom Eigentümer bestellt, ist der Aufsichtsrat das Beratungs- und Kontrollorgan gegenüber der Geschäftsführung.